Research note

Recovery of DNA of Giardia intestinalis cysts from surface water concentrates measured with PCR and real time PCR

Amplification par PCR et PCR en temps réel d’ADN de kystes de Giardia intestinalis concentrés en eau de surface

Department of Genetics, University of Szczecin, ul. Felczaka 3c, 71-412 Szczecin, Poland

^* Correspondence: Bogumila Skotarczak. E-mail: boskot@univ.szczecin.pl

Received: 14 February 2011
Accepted: 22 June 2011

Abstract

The most important restriction for the detection in water samples is the low concentration of Giardia intestinalis cysts, additional difficulty is the presence of PCR inhibitors. We have carried out trials in order to assess the sensitivity of semi-nested PCR and TaqMan real time PCR on the basis of DNA extracted from G. intestinalis cysts coming from spiked environmental and distilled water samples, filtrated with the use of Filta-Max^® equipment (1623 Method). Removal of inhibitors was carried out with addition of BSA in different concentrations. During the filtration and concentration of water samples, losses of cysts have been recorded. Moreover, addition of BSA to the PCR and real time PCR mix increases the sensitivity of reaction. The optimal concentration of BSA for semi-nested PCR was 15 and 20 ng/μl, whereas for real time PCR 5 ng/μl.

Résumé

La faible concentration des kystes de Giardia intestinalis dans les prélèvements d’eau de surface, ainsi que la présence d’inhibiteurs de la PCR constituent un handicap pour la détection du parasite. Nous avons effectué une série d’essais afin de tester la sensibilité de la PCR semi-nichée et la TaqMan PCR en temps réel dans la détection de l’ADN extrait de kystes de G. intestinalis. Ces kystes proviennent d’échantillons d’eau distillée et d’eau d’environnement, filtrés avec le Filta-Max^® (1623 Method). Les inhibiteurs ont été éliminés par la BSA utilisée à différentes concentrations. Des pertes de kystes ont été constatées lors des opérations de filtration et de concentration. L’addition de BSA augmente la sensibilité de la réaction. La concentration optimale de BSA était de 15 et 20 ng/μl pour la PCR semi-nichée et de 5 ng/μl pour la PCR en temps réel.