Research Article

Molecular surveillance of intestinal parasites and Acanthamoeba species in soils from outdoor built environments in rural northwestern Argentina

Surveillance moléculaire des parasites intestinaux et des espèces d'Acanthamoeba dans les sols des environnements bâtis extérieurs du nord-ouest rural de l'Argentine

¹ Instituto de Investigaciones de Enfermedades Tropicales (IIET), Universidad Nacional de Salta (UNSA), Orán, Salta, Argentina
² Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), Argentina
³ Cátedra de Química Biológica, Facultad Regional Orán, Universidad Nacional de Salta, Salta, Argentina
⁴ Pediatrics – Tropical Medicine, Baylor College of Medicine, Houston, Texas, United States of America
⁵ Robert Turner College and Career High School, Pearland, Texas, United States of America
⁶ Fundación Mundo Sano, Buenos Aires, Argentina
⁷ Escuela de Medicina. Universidad Internacional del Ecuador, Quito, Ecuador
⁸ School of Health and Medical Sciences, City St George’s University of London, London, United Kingdom
⁹ Cátedra de Química Biológica, Facultad de Ciencias Naturales, Universidad Nacional de Salta, Salta, Argentina

^* Corresponding author: This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

Received: 22 April 2026
Accepted: 22 June 2026

Abstract

Background: Soil-transmitted helminths (STHs) and other enteric parasites remain endemic in rural communities of northwestern Argentina. Environmental surveillance may provide additional information on transmission dynamics and community exposure. Results: We analyzed 116 soil samples collected from 28 sites, including 27 households in Solazuti and one rural school in El Cedral (Orán Department, Salta Province, Argentina), using multi-parallel real-time quantitative PCR targeting intestinal protozoa, STHs, zoonotic nematodes, and Acanthamoeba spp. Parasites were detected in outdoor built environments, with 44% of Solazuti households showing at least one positive sample. Ascaris lumbricoides and Toxocara canis were the most frequently detected helminths and showed distinct spatial patterns. Detection of A. lumbricoides was strongly associated with the presence of other parasites (OR 18.11, 95% CI 8.30–38.6; p < 0.0001). Additionally, A. lumbricoides-positive households harbored significantly more parasite species than A. lumbricoides-negative households (p = 0.0343), and A. lumbricoides frequency correlated with parasite richness (Spearman r = 0.4145, p = 0.0316). Acanthamoeba spp. was nearly ubiquitous (96.4% of sites), including the school environment, with a 75% contamination rate. Conclusions: Molecular analysis of soil samples revealed spatially heterogeneous but sustained exposure to multiple pathogens in rural outdoor environments. Soil-based qPCR may complement traditional surveillance by providing community-level data independent of human sampling.

Résumé

Contexte : Les géohelminthes et autres parasites entériques restent endémiques dans les communautés rurales du nord-ouest de l'Argentine. La surveillance environnementale peut fournir des informations complémentaires sur la dynamique de transmission et l'exposition de la population. Résultats : Nous avons analysé 116 échantillons de sol prélevés sur 28 sites, dont 27 ménages à Solazuti et une école rurale à El Cedral (département d'Orán, province de Salta, Argentine), par PCR quantitative en temps réel multiparallèle ciblant les protozoaires intestinaux, les géohelminthes, les nématodes zoonotiques et les espèces d'Acanthamoeba. Des parasites ont été détectés dans les environnements bâtis extérieurs, 44 % des ménages de Solazuti présentant au moins un échantillon positif. Ascaris lumbricoides et Toxocara canis étaient les helminthes les plus fréquemment détectés et présentaient des profils de distribution spatiale distincts. La détection d'A. lumbricoides était fortement associée à la présence d'autres parasites (OR 18,11, IC à 95 % 8,30–38,6 ; p < 0,0001). Les ménages positifs pour A. lumbricoides abritaient significativement plus d'espèces parasitaires que les ménages négatifs (p = 0,0343), et la fréquence d'A. lumbricoides était corrélée à la richesse parasitaire (Spearman r = 0,4145, p = 0,0316). Acanthamoeba spp. était quasi omniprésent (96,4 % des sites), y compris en milieu scolaire, avec un taux de contamination de 75 %. Conclusions : L'analyse moléculaire d'échantillons de sol a révélé une exposition spatialement hétérogène mais soutenue à de multiples pathogènes dans les environnements ruraux extérieurs. La qPCR sur sol pourrait compléter la surveillance traditionnelle en fournissant des données à l'échelle communautaire, indépendamment des prélèvements humains.