Issue |
Parasite
Volume 32, 2025
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Article Number | 6 | |
Number of page(s) | 8 | |
DOI | https://doi.org/10.1051/parasite/2025002 | |
Published online | 31 January 2025 |
Research Article
Identification of two new genetic loci for high-resolution genotyping of Enterocytozoon bieneusi
Identification de deux nouveaux loci génétiques pour le génotypage haute résolution d’Enterocytozoon bieneusi
1
State Key Laboratory for Diagnosis and Treatment of Severe Zoonotic Infectious Diseases, Key Laboratory for Zoonosis Research of the Ministry of Education, South China Agricultural University, Guangzhou 510642, China
2
Guangdong Laboratory for Lingnan Modern Agriculture, Center for Emerging and Zoonotic Diseases, College of Veterinary Medicine, South China Agricultural University, Guangzhou 510642, China
* Corresponding authors: nli@scau.edu.cn (N. Li); yyfeng@scau.edu.cn (Y. Feng)
Received:
30
July
2024
Accepted:
15
January
2025
In addition to the ribosomal internal transcribed spacer (ITS) locus, four loci (MS1, MS3, MS4, and MS7) have been identified to develop multilocus sequence typing tools for high-resolution genotyping of Enterocytozoon bieneusi in previous studies. However, the use of only five loci was insufficient for population genetic analysis of E. bieneusi from diverse hosts. In this study, comparison of a clinical genome sequence (C44566) with the whole genome sequence of an E. bieneusi isolate (H348) in GenBank led to the selection of the hypothetical protein 1 (hp1) and tubulin 1 (tub1) loci. Further analysis of the two loci with 156 E. bieneusi-positive samples showed high sequence polymorphisms in ITS Groups 1–6 and 10. Altogether, 30 and 23 sequence types were identified at hp1 and tub1, respectively. Genotyping based on the two loci confirmed the lack of genetic differentiation between Group 1 and Group 2 genotypes, as previously reported. Moreover, the genotypes in Groups 4 and 5 are more divergent from other genotypes within Groups 1–10. However, isolates in Group 11 and 12 could not be amplified at the hp1 and tub1 loci, supporting the previous conclusion of genetic uniqueness of the two genotype groups. The identified genetic markers and generated data could be used to develop a multilocus sequence typing tool for high-resolution genotyping of E. bieneusi, which would also have implications for understanding the taxonomy of Enterocytozoon spp., the public health significance of E. bieneusi in animals, and sources of E. bieneusi infections in humans.
Résumé
En plus du locus ITS (espaceur interne transcrit) ribosomal, quatre loci (MS1, MS3, MS4 et MS7) ont été identifiés pour développer des outils de typage de séquence multilocus pour le génotypage haute résolution d’Enterocytozoon bieneusi dans des études précédentes. Cependant, l’utilisation de seulement cinq loci était insuffisante pour l’analyse génétique de la population d’E. bieneusi à partir de divers hôtes. Dans cette étude, la comparaison d’une séquence du génome clinique (C44566) avec la séquence du génome entier d’un isolat d’E. bieneusi (H348) dans GenBank a conduit à la sélection des loci de la protéine hypothétiques 1 (hp1) et de la tubuline 1 (tub1). Une analyse plus poussée des deux loci avec 156 échantillons positifs à E. bieneusi a montré des polymorphismes de séquence élevés dans les groupes ITS 1 à 6 et 10. Au total, 30 et 23 types de séquence ont été identifiés respectivement à hp1 et tub1. Le génotypage basé sur les deux loci a confirmé l’absence de différenciation génétique entre les génotypes du groupe 1 et du groupe 2 comme trouvé précédemment. De plus, les génotypes des groupes 4 et 5 sont plus divergents des autres génotypes des groupes 1 à 10. Cependant, les isolats des groupes 11 et 12 n’ont pas pu être amplifiés aux loci hp1 et tub1, ce qui étaye la conclusion précédente de l’unicité génétique de ces deux groupes de génotypes. Les marqueurs génétiques identifiés et les données générées pourraient être utilisés pour développer un outil de typage de séquences multilocus pour le génotypage haute résolution d’E. bieneusi, ce qui devrait également avoir des implications pour la compréhension de la taxonomie d’Enterocytozoon spp., l’importance d’E. bieneusi pour la santé publique chez les animaux et les sources d’infections par E. bieneusi chez l’homme.
Key words: Enterocytozoon bieneusi / Multilocus sequence typing / Genetic marker / Genetic diversity
Edited by: Jean-Loup Justine
© X. Meng et al., published by EDP Sciences, 2025
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