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Ann. Parasitol. Hum. Comp.
Volume 56, Number 6, 1981
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Page(s) | 575 - 591 | |
DOI | https://doi.org/10.1051/parasite/1981566575 | |
Published online | 21 September 2017 |
Mémoire
Application de la méthode numérique à la taxonomie du genre Leishmania Ross, 1903
A propos de 146 souches originaires de l’Ancien Monde. Utilisation des allozymes. Corollaires épidémiologiques et phylétiques
The application of a numerical method to the taxonomy of the genus Leishmania Ross, 1903
The recognition of 146 original lines in the Old World. Use of allozymic characters. Epidemiological and phyletic significance
1 Laboratoire d’Écologie médicale et Pathologie parasitaire (Pr. J. A. Rioux), Faculté de Médecine, F 34000 Montpellier
2 Écothèque méditerranéenne (G. Long), C.N.R.S. Route de Mende, F 34000 Montpellier
Accepté : 1 Mars 1981
Les auteurs utilisent les caractères enzymatiques, obtenus par électrophorèse en gel d’amidon, pour tenter une application de la taxonomie numérique à l’analyse systématique du genre Leishmania Ross, 1903. Pour ce faire, huit systèmes enzymatiques (PGI, ME, PGM, GOT, G-6-PDH, 6-PGDH, MDH et IDH) sont éprouvés sur 146 souches originaires de l’Ancien Monde. 35 électromorphes, correspondant à autant d’isoenzymes, permettent d’individualiser 14 zymodèmes. Ces zymodèmes sont assimilés à des Unités Taxonomiques Opérationnelles (UTO) et comparés deux à deux, à l’aide de l’indice de similarité de Jaccard. L’établissement de ces indices permet de bâtir une matrice d’association à partir de laquelle est élaboré le système taxonomique proprement dit. Le phénogramme, réalisé selon la méthode agglomérative, constitue l’expression finale de l’opération. Sa construction utilise la technique dite à liens complets.
L’objectivité du découpage en phénons est confirmée par l’analyse des correspondances. En définitive, les souches se répartissent en cinq groupes correspondant aux complexes Leishmania donovani, Leishmania tropica, Leishmania major, Leishmania æthiopica et cf. Leishmania tarentolae. Les phénons individualisés par la taxonomie numérique s’identifient donc aux taxons de la systématique traditionnelle.
La signification phylétique des unités individualisées est ensuite apportée par l’approche génétique. Il est en effet possible d’appliquer l’indice de distance de Nei, à condition de ramener les fréquences allozymiques à 0, 0,5 et 1. Le dendrogramme ainsi obtenu est identique au phénogramme : Leishmania major constitue un taxon homogène, individualisé depuis longtemps des autres groupes. Les complexes Leishmania donovani et Leishmania tropica ont conservé des liens non négligeables, témoignant d’une origine commune et d’une divergence évolutive plus récente.
Abstract
Using enzyme characters determined by starch gel electrophoresis, the authors have applied the method of Numerical Taxonomy to the genus Leishmania Ross, 1903. Eight isoenzymes (PGI, ME, PGM, GOT, G-6-PDH, 6-PGDH, MDH and IDH) of 146 Old World strains are examined. 35 electromorphs, corresponding to equivalent number of isoenzymes, are identified by this method, and then grouped into 14 zymodemes. These zymodemes were used as Operational Taxonomy Units (OTU) and compared pairwise, using Jaccard’s index of similarity. A matrix of association was constructed using these indices and it forms the basis for the taxonomic scheme elaborated. The final relationships are exhibited in the agglomerative dendrogram, constructed using complete linkage. The separation into phenons is confirmed by correspondence analysis. It is concluded that the original lines fall into five groups corresponding to the complexes Leishmania donovani, Leishmania tropica, Leishmania major, Leishmania æthiopica and cf. Leishmania tarentolae. The phenons as recognised by Numerical Taxonomy, can be equated with the taxa of traditional systematics.
The phyletic significance of the individualized phenons is then provided by a genetic approach. Thus, it is possible to compute the genetic distances of Nei with allozyme frequency values of 0, 0.5 and 1. The new dendrogram is similar to the previous one : Leishmania major constitutes an homogenous taxon, long isolated from the others. Leishmania donovani and Leishmania tropica have retained a non negligeable amount of genetic similarity, attesting both a common origin and a more recent evolutionary divergence.
© Masson, Paris 1981, transferred to Société Française de Parasitologie
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